Pemenang lelang adalah Kiyoshi Kimura, pemilik jaringan restoran sushi.
Tuna seberat 269 kg itu juga mencatat rekor harga per kilogram, kata pejabat pasar Yutaka Hasegawa. Harga per kilogram tuna itu adalah 210.000 yen (Rp 25 juta).
Tuna itu tertangkap di perairan Oma, prefektur Aomori, sebelah utara pantai yang terkena bencana tsunami tahun lalu.
Mr Kimura mengatakan pembelian itu merupakan upaya untuk "membangkitkan" Jepang dan membantu menuju pemulihan.
Dia juga ingin menjaga ikan itu tetap di Jepang "daripada membiarkannya diambil asing", katanya di televisi.
Tahun lalu, seekor tuna sirip biru seberat 342 kg yang tertangkap di perairan Pulau Hokkaido, Jepang, dihargai 32.49 juta yen (Rp 3,9 miliar), yang menciptakan rekor saat itu.
Pemenang lelang adalah sebuah kelompok bisnis jaringan restoran sushi Hong Kong dan restoran Jepang kelas atas di Tokyo.
Lelang pertama bulan Januari di pasar ikan terkenal di Tokyo itu merupakan bagian penting dari perayaan Tahun Baru Jepang, dan rekor harga sering dipecahkan di lelang ini.
Jepang merupakan konsumen terbesar makanan laut di dunia, yang mengkonsumsi sekitar 80 persen tangkapan tuna sirip biru dari Atlantik dan Pasifik.
Namun, pembatasan tangkapan telah diperketat dalam beberapa tahun terakhir karena kekhawatiran akan penangkapan yang berlebihan.
